Hippo database file version 01/10/2008 ACE N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro H1 N 140 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M HH31 CH3 CA 135 H1 -DU3 -DU2 1.0900 90.000 180.000 * M C 235 CH3 H1 -DU3 1.5300 111.100 180.000 M O 236 C CH3 +N 1.2290 120.500 180.000 L H2 140 CH3 C H1 1.0900 109.500 120.000 L HH32 H3 140 CH3 C H1 1.0900 109.500 240.000 L HH33 ALA A N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 135 CA N C 1.5250 111.100 -120.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA N 1.0900 109.500 180.000 E HB2 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 120.000 E HB3 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 -120.000 E ARG R N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5340 111.100 -120.000 S CG 308 CB CA N 1.5250 121.100 180.000 * S CD 307 CG CB CA 1.5250 112.500 180.000 S NE 303 CD CG CB 1.4760 113.000 180.000 S CZ 302 NE CD CG 1.3430 134.000 180.000 S HE 304 NE CD CZ 1.0120 107.900 180.000 E NH1 300 CZ NE CD 1.3360 121.300 0.000 S H11 301 NH1 CZ NE 1.0120 120.700 0.000 S H12 301 NH1 CZ H11 1.0120 123.300 180.000 E NH2 300 CZ NE NH1 1.3360 119.400 180.000 E H21 301 NH2 CZ NE 1.0120 122.100 0.000 S H22 301 NH2 CZ H21 1.0120 122.400 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG NE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG NE 1.0900 109.500 -120.000 E ASN N N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 * S CG 235 CB CA N 1.5240 113.400 180.000 S ND2 237 CG CB CA 1.3270 118.400 180.000 S HD1 240 ND2 CG CB 1.0080 119.200 180.000 S HD21 HD2 240 ND2 CG HD1 1.0080 119.200 180.000 E HD22 OD1 236 CG CB ND2 1.2230 120.900 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E ASP D N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 274 CA N C 1.5300 111.100 -120.000 * S CG 271 CB CA N 1.5170 111.600 180.000 S OD1 272 CG CB CA 1.2500 116.700 -90.000 S OD2 272 CG CB OD1 1.2500 116.700 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E CYSH C N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 206 CA N C 1.5440 111.100 -120.000 S SG 200 CB CA N 1.8130 113.600 180.000 S HG 204 SG CB CA 1.3460 94.400 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA SG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA SG 1.0900 109.500 -120.000 E CYS C N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 214 CA N C 1.5440 111.100 -120.000 S SG 203 CB CA N 1.8130 113.600 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA SG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA SG 1.0900 109.500 -120.000 E GLN Q N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 * S CG 136 CB CA N 1.5240 113.400 180.000 S CD 235 CG CB CA 1.5240 113.400 180.000 S NE2 237 CD CG CB 1.3270 118.400 180.000 S HE1 240 NE2 CD CG 1.0080 119.200 180.000 S HE2 240 NE2 CD HE1 1.0080 119.200 180.000 E OE1 236 CD CG NE2 1.2230 120.900 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E GLU E N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5290 111.100 -120.000 * S CG 274 CB CA N 1.5290 112.700 180.000 S CD 271 CG CB CA 1.5210 112.300 180.000 S OE1 272 CD CG CB 1.2500 117.000 -90.000 S OE2 272 CD CG OE1 1.2500 117.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E GLY G N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 292 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA1 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HA2 140 CA N C 1.0900 109.500 -120.000 L HID N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 508 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 503 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 506 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S HND 504 ND1 CG CE1 1.0100 126.000 180.000 E NE2 511 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 507 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 HIS H N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 507 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 511 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 506 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S NE2 503 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E HE1 CD2 508 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HNE 504 NE2 CE1 CD2 1.0100 125.000 180.000 E HE2 HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HD2 O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 HIP N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 510 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 512 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 509 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S HND 513 ND1 CG CE1 1.0100 126.000 180.000 E NE2 512 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 510 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HNE 513 NE2 CE1 CD2 1.0100 125.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 ILE I N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 137 CA N C 1.5680 111.100 -120.000 * S CG1 136 CB CA N 1.5320 122.000 180.000 S CG2 135 CB CA CG1 1.5320 111.000 -120.000 E CD 135 CG1 CB CA 1.5320 123.800 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA CG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG1 CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG1 CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HG3 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG4 140 CG2 CB HG3 1.0900 109.500 120.000 E HG5 140 CG2 CB HG3 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG1 CB 1.0900 109.500 180.000 E HD2 140 CD CG1 HD1 1.0900 109.500 120.000 E HD3 140 CD CG1 HD1 1.0900 109.500 -120.000 E LEU L N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 * S CG 137 CB CA N 1.5550 126.200 180.000 S CD1 135 CG CB CA 1.5320 118.700 180.000 S CD2 135 CG CB CD1 1.5320 118.700 120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG 140 CG CB CD1 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD1 CG CB 1.0900 109.500 180.000 E HD2 140 CD1 CG HD1 1.0900 109.500 120.000 E HD3 140 CD1 CG HD1 1.0900 109.500 -120.000 E HD4 140 CD2 CG CB 1.0900 109.500 180.000 E HD5 140 CD2 CG HD4 1.0900 109.500 120.000 E HD6 140 CD2 CG HD4 1.0900 109.500 -120.000 E LYS K N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5270 112.500 180.000 * S CD 136 CG CB CA 1.5260 112.500 180.000 S CE 292 CD CG CB 1.5280 112.500 180.000 S NZ 287 CE CD CG 1.4720 111.700 180.000 S HZ1 290 NZ CE CD 1.0100 109.470 180.000 E HZ2 290 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 -120.000 E HZ3 290 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG CE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG CE 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 140 CE CD NZ 1.0900 109.500 120.000 E HE2 140 CE CD NZ 1.0900 109.500 -120.000 E MET M N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 118.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5340 121.100 -120.000 * S CG 210 CB CA N 1.5280 113.100 180.000 S SD 202 CG CB CA 1.8100 115.600 180.000 S CE 209 SD CG CB 1.7800 98.900 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB SD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB SD 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 140 CE SD CG 1.0900 109.500 180.000 E HE2 140 CE SD HE1 1.0900 109.500 120.000 E HE3 140 CE SD HE1 1.0900 109.500 -120.000 E PHE F N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 149 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 145 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 145 CG CB CA 1.4000 120.000 180.000 S CE1 145 CD1 CG CB 1.4000 120.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG CE1 1.0900 120.000 180.000 E CZ 145 CE1 CD1 CG 1.4000 120.000 0.000 S HE1 146 CE1 CD1 CZ 1.0900 120.000 180.000 E CE2 145 CZ CE1 CD1 1.4000 120.000 0.000 S HZ 146 CZ CE1 CE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 145 CE2 CZ CE1 1.4000 120.000 0.000 S HE2 146 CE2 CZ CD2 1.0900 120.000 180.000 E HD2 146 CD2 CE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG CD1 CD2 PRO P N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 239 HN1 -DU3 -DU2 1.3370 117.000 180.000 M CA 295 N HN1 -DU3 1.4510 120.600 -175.200 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 -70.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 CB 136 CA N C 1.4840 104.000 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5100 108.560 3.700 S CD HN 245 CG CB CA 1.5000 106.000 -16.300 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG N 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG N 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD N Additional dihedrals CD N -C CA SER S N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 157 CA N C 1.5430 111.100 -120.000 S OG 154 CB CA N 1.4270 114.400 180.000 S HG 155 OG CB CA 0.9650 107.600 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA OG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA OG 1.0900 109.500 -120.000 E THR T N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 158 CA N C 1.5250 121.100 -120.000 S OG1 154 CB CA N 1.4300 109.470 60.000 S HG 155 OG1 CB CA 0.9600 109.470 180.000 S HG1 CG2 135 CB CA OG1 1.5250 109.470 -120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA OG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG21 HG2 140 CG2 CB HG1 1.0900 109.500 120.000 E HG22 HG3 140 CG2 CB HG1 1.0900 109.500 -120.000 E HG23 TRP W N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 500 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 514 CG CB CA 1.3400 127.000 180.000 S NE1 503 CD1 CG CB 1.4300 107.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG NE1 1.0900 120.000 180.000 E CE2 502 NE1 CD1 CG 1.3100 109.000 0.000 E HNE 504 NE1 CD1 CE2 1.0100 125.500 180.000 E HE1 CZ2 145 CE2 NE1 CD1 1.4000 128.000 180.000 S CH2 145 CZ2 CE2 NE1 1.3900 116.000 180.000 S HZ2 146 CZ2 CE2 CH2 1.0900 120.000 180.000 E CZ3 145 CH2 CZ2 CE2 1.3500 121.000 0.000 S HH2 146 CH2 CZ2 CZ3 1.0900 120.000 180.000 E CE3 145 CZ3 CH2 CZ2 1.4100 122.000 0.000 S HZ3 146 CZ3 CH2 CE3 1.0900 120.000 180.000 E CD2 501 CE3 CZ3 CH2 1.4000 117.000 0.000 S HE3 146 CE3 CZ3 CD2 1.0900 120.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG CD2 CE2 Additional dihedrals CE2 CD2 CE3 CG CZ2 CE2 CD2 NE1 CB CG CD1 CD2 TYR Y N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 149 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 145 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 145 CG CB CA 1.4000 120.000 180.000 S CE1 145 CD1 CG CB 1.4000 120.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG CE1 1.0900 120.000 180.000 E CZ 166 CE1 CD1 CG 1.4000 120.000 0.000 S HE1 146 CE1 CD1 CZ 1.0900 120.000 180.000 E CE2 145 CZ CE1 CD1 1.4000 120.000 0.000 S OH 167 CZ CE1 CE2 1.3600 120.000 180.000 E CD2 145 CE2 CZ CE1 1.4000 120.000 0.000 S HE2 146 CE2 CZ CD2 1.0900 120.000 180.000 E HD2 146 CD2 CE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HH 168 OH CZ CE1 0.9600 113.000 0.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG CD1 CD2 VAL V N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 * M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 137 CA N C 1.5680 111.100 -120.000 S CG1 135 CB CA N 1.5320 118.500 180.000 S CG2 135 CB CA CG1 1.5320 118.500 -120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA CG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG1 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG11 HG2 140 CG1 CB HG1 1.0900 109.500 120.000 E HG12 HG3 140 CG1 CB HG1 1.0900 109.500 -120.000 E HG13 HG4 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG21 HG5 140 CG2 CB HG4 1.0900 109.500 120.000 E HG22 HG6 140 CG2 CB HG4 1.0900 109.500 -120.000 E HG23 ASH N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5300 111.100 -120.000 * S CG 267 CB CA N 1.5170 111.600 180.000 S OD1 268 CG CB CA 1.2500 108.000 -90.000 S OD2 269 CG CB OD1 1.3640 116.700 180.000 S HD1 270 OD1 CG CB 0.9450 113.000 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E GLH N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5290 111.100 -120.000 * S CG 136 CB CA N 1.5290 112.700 180.000 S CD 267 CG CB CA 1.5210 112.300 180.000 S OE1 268 CD CG CB 1.2500 108.000 -90.000 S OE2 269 CD CG OE1 1.3640 117.000 180.000 S HE1 270 OE1 CD CG 0.9450 113.000 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E LYN N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5270 112.500 180.000 * S CD 136 CG CB CA 1.5260 112.500 180.000 S CE 906 CD CG CB 1.5280 112.500 180.000 S NZ 900 CE CD CG 1.4720 111.700 180.000 S HZ1 909 NZ CE CD 1.0100 109.470 180.000 E HZ2 909 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 -120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG CE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG CE 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 911 CE CD NZ 1.0900 109.500 120.000 E HE2 911 CE CD NZ 1.0900 109.500 -120.000 E ARN N Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro HN1 290 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 M H1 N 287 HN1 -DU3 -DU2 1.0100 90.000 180.000 M CA 293 N HN1 -DU3 1.4490 119.800 180.000 M C 235 CA N HN1 1.5220 111.100 180.000 M HN2 290 N CA HN1 1.0100 119.800 120.000 L H2 HN3 290 N CA HN1 1.0100 119.800 240.000 L H3 CB 136 CA N C 1.5340 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5250 121.100 180.000 * S CD 748 CG CB CA 1.5250 112.500 180.000 S NE 749 CD CG CB 1.4760 113.000 180.000 S CZ 752 NE CD CG 1.3430 134.000 180.000 S HE 910 NE CD CZ 1.0120 107.900 180.000 E NH1 750 CZ NE CD 1.3360 121.300 0.000 S H11 240 NH1 CZ NE 1.0120 120.700 0.000 S NH2 751 CZ NE NH1 1.3360 119.400 180.000 E H21 909 NH2 CZ NE 1.0120 122.100 0.000 S H22 909 NH2 CZ H21 1.0120 122.400 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG NE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG NE 1.0900 109.500 -120.000 E ALA A M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 135 CA N C 1.5250 111.100 -120.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA N 1.0900 109.500 180.000 E HB2 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 120.000 E HB3 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 -120.000 E AIB M Aminoisobutyric acid Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 225 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 135 CA N C 1.5250 111.100 -120.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L CG 135 CA N C 1.5250 109.500 120.000 S HB1 140 CB CA N 1.0900 109.500 180.000 E HB2 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 120.000 E HB3 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CA N 1.0900 109.500 180.000 E HG2 140 CG CA HG1 1.0900 109.500 120.000 E HG3 140 CG CA HG1 1.0900 109.500 -120.000 E ARG R M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5340 111.100 -120.000 S CG 308 CB CA N 1.5250 121.100 180.000 * S CD 307 CG CB CA 1.5250 112.500 180.000 S NE 303 CD CG CB 1.4760 113.000 180.000 S CZ 302 NE CD CG 1.3430 134.000 180.000 S HE 304 NE CD CZ 1.0120 107.900 180.000 E NH1 300 CZ NE CD 1.3360 121.300 0.000 S H11 301 NH1 CZ NE 1.0120 120.700 0.000 S H12 301 NH1 CZ H11 1.0120 123.300 180.000 E NH2 300 CZ NE NH1 1.3360 119.400 180.000 E H21 301 NH2 CZ NE 1.0120 122.100 0.000 S H22 301 NH2 CZ H21 1.0120 122.400 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG NE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG NE 1.0900 109.500 -120.000 E ASN N M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 * S CG 235 CB CA N 1.5240 113.400 180.000 S ND2 237 CG CB CA 1.3270 118.400 180.000 S HD1 240 ND2 CG CB 1.0080 119.200 180.000 S HD21 HD2 240 ND2 CG HD1 1.0080 119.200 180.000 E HD22 OD1 236 CG CB ND2 1.2230 120.900 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E ASP D M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 274 CA N C 1.5300 111.100 -120.000 * S CG 271 CB CA N 1.5170 111.600 180.000 S OD1 272 CG CB CA 1.2500 116.700 -90.000 S OD2 272 CG CB OD1 1.2500 116.700 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E CYSH C M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 206 CA N C 1.5440 111.100 -120.000 S SG 200 CB CA N 1.8130 113.600 180.000 S HG 204 SG CB CA 1.3460 94.400 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA SG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA SG 1.0900 109.500 -120.000 E CYS C M Cystein SS bonded Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 214 CA N C 1.5440 111.100 -120.000 S SG 203 CB CA N 1.8130 113.600 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA SG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA SG 1.0900 109.500 -120.000 E GLN Q M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 * S CG 136 CB CA N 1.5240 113.400 180.000 S CD 235 CG CB CA 1.5240 113.400 180.000 S NE2 237 CD CG CB 1.3270 118.400 180.000 S HE1 240 NE2 CD CG 1.0080 119.200 180.000 S HE2 240 NE2 CD HE1 1.0080 119.200 180.000 E OE1 236 CD CG NE2 1.2230 120.900 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E GLU E M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5290 111.100 -120.000 * S CG 274 CB CA N 1.5290 112.700 180.000 S CD 271 CG CB CA 1.5210 112.300 180.000 S OE1 272 CD CG CB 1.2500 117.000 -90.000 S OE2 272 CD CG OE1 1.2500 117.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E GLY G M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 223 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA1 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HA2 140 CA N C 1.0900 109.500 -120.000 L HID M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 508 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 503 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 506 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S HND 504 ND1 CG CE1 1.0100 126.000 180.000 E NE2 511 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 507 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 HIS H M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 507 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 511 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 506 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S NE2 503 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E HE1 CD2 508 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HNE 504 NE2 CE1 CD2 1.0100 125.000 180.000 E HE2 HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HD2 O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 HIP M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 510 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 512 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 509 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S HND 513 ND1 CG CE1 1.0100 126.000 180.000 E NE2 512 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 510 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HNE 513 NE2 CE1 CD2 1.0100 125.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 ILE I M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 137 CA N C 1.5680 111.100 -120.000 * S CG1 136 CB CA N 1.5320 122.000 180.000 S CG2 135 CB CA CG1 1.5320 111.000 -120.000 E CD 135 CG1 CB CA 1.5320 123.800 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA CG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG1 CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG1 CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HG3 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG4 140 CG2 CB HG3 1.0900 109.500 120.000 E HG5 140 CG2 CB HG3 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG1 CB 1.0900 109.500 180.000 E HD2 140 CD CG1 HD1 1.0900 109.500 120.000 E HD3 140 CD CG1 HD1 1.0900 109.500 -120.000 E LEU L M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 * S CG 137 CB CA N 1.5550 126.200 180.000 S CD1 135 CG CB CA 1.5320 118.700 180.000 S CD2 135 CG CB CD1 1.5320 118.700 120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG 140 CG CB CD1 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD1 CG CB 1.0900 109.500 180.000 E HD2 140 CD1 CG HD1 1.0900 109.500 120.000 E HD3 140 CD1 CG HD1 1.0900 109.500 -120.000 E HD4 140 CD2 CG CB 1.0900 109.500 180.000 E HD5 140 CD2 CG HD4 1.0900 109.500 120.000 E HD6 140 CD2 CG HD4 1.0900 109.500 -120.000 E LYS K M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5270 112.500 180.000 * S CD 136 CG CB CA 1.5260 112.500 180.000 S CE 292 CD CG CB 1.5280 112.500 180.000 S NZ 287 CE CD CG 1.4720 111.700 180.000 S HZ1 290 NZ CE CD 1.0100 109.470 180.000 E HZ2 290 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 -120.000 E HZ3 290 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG CE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG CE 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 140 CE CD NZ 1.0900 109.500 120.000 E HE2 140 CE CD NZ 1.0900 109.500 -120.000 E MET M M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5340 121.100 -120.000 * S CG 210 CB CA N 1.5280 113.100 180.000 S SD 202 CG CB CA 1.8100 115.600 180.000 S CE 209 SD CG CB 1.7800 98.900 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB SD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB SD 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 140 CE SD CG 1.0900 109.500 180.000 E HE2 140 CE SD HE1 1.0900 109.500 120.000 E HE3 140 CE SD HE1 1.0900 109.500 -120.000 E PHE F M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 149 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 145 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 145 CG CB CA 1.4000 120.000 180.000 S CE1 145 CD1 CG CB 1.4000 120.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG CE1 1.0900 120.000 180.000 E CZ 145 CE1 CD1 CG 1.4000 120.000 0.000 S HE1 146 CE1 CD1 CZ 1.0900 120.000 180.000 E CE2 145 CZ CE1 CD1 1.4000 120.000 0.000 S HZ 146 CZ CE1 CE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 145 CE2 CZ CE1 1.4000 120.000 0.000 S HE2 146 CE2 CZ CD2 1.0900 120.000 180.000 E HD2 146 CD2 CE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG CD1 CD2 PRO P M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 239 -C -CA -N 1.3370 117.000 180.000 M CA 246 N -C -CA 1.4510 120.600 -175.200 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 -70.000 M CB 136 CA N C 1.4840 104.000 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5100 108.560 3.700 S CD HN 245 CG CB CA 1.5000 106.000 -16.300 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG N 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG N 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD N Additional dihedrals CD N -C CA DPR M D-Proline Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 239 -C -CA -N 1.3370 117.000 180.000 M CA 246 N -C -CA 1.4510 120.600 -175.200 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 -70.000 M CB 136 CA N C 1.4840 104.000 120.000 S CG 136 CB CA N 1.5100 108.560 3.700 S CD HN 245 CG CB CA 1.5000 106.000 -16.300 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 -120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG N 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG N 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD N Additional dihedrals CD N -C CA SER S M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 157 CA N C 1.5430 111.100 -120.000 S OG 154 CB CA N 1.4270 114.400 180.000 S HG 155 OG CB CA 0.9650 107.600 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA OG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA OG 1.0900 109.500 -120.000 E THR T M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 158 CA N C 1.5250 121.100 -120.000 S OG1 154 CB CA N 1.4300 109.470 60.000 S HG 155 OG1 CB CA 0.9600 109.470 180.000 S HG1 CG2 135 CB CA OG1 1.5250 109.470 -120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA OG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG21 HG2 140 CG2 CB HG1 1.0900 109.500 120.000 E HG22 HG3 140 CG2 CB HG1 1.0900 109.500 -120.000 E HG23 TRP W M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 500 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 514 CG CB CA 1.3400 127.000 180.000 S NE1 503 CD1 CG CB 1.4300 107.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG NE1 1.0900 120.000 180.000 E CE2 502 NE1 CD1 CG 1.3100 109.000 0.000 E HNE 504 NE1 CD1 CE2 1.0100 125.500 180.000 E HE1 CZ2 145 CE2 NE1 CD1 1.4000 128.000 180.000 S CH2 145 CZ2 CE2 NE1 1.3900 116.000 180.000 S HZ2 146 CZ2 CE2 CH2 1.0900 120.000 180.000 E CZ3 145 CH2 CZ2 CE2 1.3500 121.000 0.000 S HH2 146 CH2 CZ2 CZ3 1.0900 120.000 180.000 E CE3 145 CZ3 CH2 CZ2 1.4100 122.000 0.000 S HZ3 146 CZ3 CH2 CE3 1.0900 120.000 180.000 E CD2 501 CE3 CZ3 CH2 1.4000 117.000 0.000 S HE3 146 CE3 CZ3 CD2 1.0900 120.000 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG CD2 CE2 Additional dihedrals CE2 CD2 CE3 CG CZ2 CE2 CD2 NE1 CB CG CD1 CD2 TYR Y M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 149 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 145 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 145 CG CB CA 1.4000 120.000 180.000 S CE1 145 CD1 CG CB 1.4000 120.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG CE1 1.0900 120.000 180.000 E CZ 166 CE1 CD1 CG 1.4000 120.000 0.000 S HE1 146 CE1 CD1 CZ 1.0900 120.000 180.000 E CE2 145 CZ CE1 CD1 1.4000 120.000 0.000 S OH 167 CZ CE1 CE2 1.3600 120.000 180.000 E CD2 145 CE2 CZ CE1 1.4000 120.000 0.000 S HE2 146 CE2 CZ CD2 1.0900 120.000 180.000 E HD2 146 CD2 CE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HH 168 OH CZ CE1 0.9600 113.000 0.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG CD1 CD2 VAL V M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 137 CA N C 1.5680 111.100 -120.000 S CG1 135 CB CA N 1.5320 118.500 180.000 S CG2 135 CB CA CG1 1.5320 118.500 -120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA CG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG1 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG11 HG2 140 CG1 CB HG1 1.0900 109.500 120.000 E HG12 HG3 140 CG1 CB HG1 1.0900 109.500 -120.000 E HG13 HG4 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG21 HG5 140 CG2 CB HG4 1.0900 109.500 120.000 E HG22 HG6 140 CG2 CB HG4 1.0900 109.500 -120.000 E HG23 ASH M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5300 111.100 -120.000 * S CG 267 CB CA N 1.5170 111.600 180.000 S OD1 268 CG CB CA 1.2500 108.000 -90.000 S OD2 269 CG CB OD1 1.3640 116.700 180.000 S HD1 270 OD1 CG CB 0.9450 113.000 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E GLH M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5290 111.100 -120.000 * S CG 136 CB CA N 1.5290 112.700 180.000 S CD 267 CG CB CA 1.5210 112.300 180.000 S OE1 268 CD CG CB 1.2500 108.000 -90.000 S OE2 269 CD CG OE1 1.3640 117.000 180.000 S HE1 270 OE1 CD CG 0.9450 113.000 180.000 S O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E LYN M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5270 112.500 180.000 * S CD 136 CG CB CA 1.5260 112.500 180.000 S CE 906 CD CG CB 1.5280 112.500 180.000 S NZ 900 CE CD CG 1.4720 111.700 180.000 S HZ1 909 NZ CE CD 1.0100 109.470 180.000 E HZ2 909 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 -120.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG CE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG CE 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 911 CE CD NZ 1.0900 109.500 120.000 E HE2 911 CE CD NZ 1.0900 109.500 -120.000 E ARN M Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 224 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 235 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5340 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5250 121.100 180.000 * S CD 748 CG CB CA 1.5250 112.500 180.000 S NE 749 CD CG CB 1.4760 113.000 180.000 S CZ 752 NE CD CG 1.3430 134.000 180.000 S HE 910 NE CD CZ 1.0120 107.900 180.000 E NH1 750 CZ NE CD 1.3360 121.300 0.000 S H11 240 NH1 CZ NE 1.0120 120.700 0.000 S NH2 751 CZ NE NH1 1.3360 119.400 180.000 E H21 909 NH2 CZ NE 1.0120 122.100 0.000 S H22 909 NH2 CZ H21 1.0120 122.400 180.000 E O 236 C CA +N 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG NE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG NE 1.0900 109.500 -120.000 E AME C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro NT N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CT CA 242 NT -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M HN 241 NT -C CT 1.0100 119.800 180.000 L H HT1 140 CT NT -C 1.0900 109.500 180.000 L HT2 140 CT NT HT1 1.0900 109.500 120.000 L HT3 140 CT NT HT1 1.0900 109.500 240.000 L ALA A C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 135 CA N C 1.5250 111.100 -120.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA N 1.0900 109.500 180.000 E HB2 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 120.000 E HB3 140 CB CA HB1 1.0900 109.500 -120.000 E ARG R C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5340 111.100 -120.000 S CG 308 CB CA N 1.5250 121.100 180.000 * S CD 307 CG CB CA 1.5250 112.500 180.000 S NE 303 CD CG CB 1.4760 113.000 180.000 S CZ 302 NE CD CG 1.3430 134.000 180.000 S HE 304 NE CD CZ 1.0120 107.900 180.000 E NH1 300 CZ NE CD 1.3360 121.300 0.000 S H11 301 NH1 CZ NE 1.0120 120.700 0.000 S H12 301 NH1 CZ H11 1.0120 123.300 180.000 E NH2 300 CZ NE NH1 1.3360 119.400 180.000 E H21 301 NH2 CZ NE 1.0120 122.100 0.000 S H22 301 NH2 CZ H21 1.0120 122.400 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG NE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG NE 1.0900 109.500 -120.000 E ASN N C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 * S CG 235 CB CA N 1.5240 113.400 180.000 S ND2 237 CG CB CA 1.3270 118.400 180.000 S HD1 240 ND2 CG CB 1.0080 119.200 180.000 S HD21 HD2 240 ND2 CG HD1 1.0080 119.200 180.000 E HD22 OD1 236 CG CB ND2 1.2230 120.900 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E ASP D C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 274 CA N C 1.5300 111.100 -120.000 * S CG 271 CB CA N 1.5170 111.600 180.000 S OD1 272 CG CB CA 1.2500 116.700 -90.000 S OD2 272 CG CB OD1 1.2500 116.700 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E CYSH C C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 206 CA N C 1.5440 111.100 -120.000 S SG 200 CB CA N 1.8130 113.600 180.000 S HG 204 SG CB CA 1.3460 94.400 180.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA SG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA SG 1.0900 109.500 -120.000 E CYS C C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 214 CA N C 1.5440 111.100 -120.000 S SG 203 CB CA N 1.8130 113.600 180.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA SG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA SG 1.0900 109.500 -120.000 E GLN Q C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 * S CG 136 CB CA N 1.5240 113.400 180.000 S CD 235 CG CB CA 1.5240 113.400 180.000 S NE2 237 CD CG CB 1.3270 118.400 180.000 S HE1 240 NE2 CD CG 1.0080 119.200 180.000 S HE2 240 NE2 CD HE1 1.0080 119.200 180.000 E OE1 236 CD CG NE2 1.2230 120.900 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E GLU E C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5290 111.100 -120.000 * S CG 274 CB CA N 1.5290 112.700 180.000 S CD 271 CG CB CA 1.5210 112.300 180.000 S OE1 272 CD CG CB 1.2500 117.000 -90.000 S OE2 272 CD CG OE1 1.2500 117.000 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E GLY G C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 284 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA1 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HA2 140 CA N C 1.0900 109.500 -120.000 L HID C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 508 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 503 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 506 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S HND 504 ND1 CG CE1 1.0100 126.000 180.000 E NE2 511 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 507 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 HIS H C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 507 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 511 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 506 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S NE2 503 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E HE1 CD2 508 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HNE 504 NE2 CE1 CD2 1.0100 125.000 180.000 E HE2 HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HD2 O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 HIP C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 505 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 510 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S ND1 512 CG CB CA 1.3900 122.000 180.000 S CE1 509 ND1 CG CB 1.3200 108.000 180.000 S HND 513 ND1 CG CE1 1.0100 126.000 180.000 E NE2 512 CE1 ND1 CG 1.3100 109.000 0.000 S HE 146 CE1 ND1 NE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 510 NE2 CE1 ND1 1.3600 110.000 0.000 S HD 146 CD2 NE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HNE 513 NE2 CE1 CD2 1.0100 125.000 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG ND1 CD2 ILE I C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 137 CA N C 1.5680 111.100 -120.000 * S CG1 136 CB CA N 1.5320 122.000 180.000 S CG2 135 CB CA CG1 1.5320 111.000 -120.000 E CD 135 CG1 CB CA 1.5320 123.800 180.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA CG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG1 CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG1 CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HG3 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG4 140 CG2 CB HG3 1.0900 109.500 120.000 E HG5 140 CG2 CB HG3 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG1 CB 1.0900 109.500 180.000 E HD2 140 CD CG1 HD1 1.0900 109.500 120.000 E HD3 140 CD CG1 HD1 1.0900 109.500 -120.000 E LEU L C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 * S CG 137 CB CA N 1.5550 126.200 180.000 S CD1 135 CG CB CA 1.5320 118.700 180.000 S CD2 135 CG CB CD1 1.5320 118.700 120.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG 140 CG CB CD1 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD1 CG CB 1.0900 109.500 180.000 E HD2 140 CD1 CG HD1 1.0900 109.500 120.000 E HD3 140 CD1 CG HD1 1.0900 109.500 -120.000 E HD4 140 CD2 CG CB 1.0900 109.500 180.000 E HD5 140 CD2 CG HD4 1.0900 109.500 120.000 E HD6 140 CD2 CG HD4 1.0900 109.500 -120.000 E LYS K C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5270 112.500 180.000 * S CD 136 CG CB CA 1.5260 112.500 180.000 S CE 292 CD CG CB 1.5280 112.500 180.000 S NZ 287 CE CD CG 1.4720 111.700 180.000 S HZ1 290 NZ CE CD 1.0100 109.470 180.000 E HZ2 290 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 -120.000 E HZ3 290 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 120.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG CE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG CE 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 140 CE CD NZ 1.0900 109.500 120.000 E HE2 140 CE CD NZ 1.0900 109.500 -120.000 E MET M C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5340 121.100 -120.000 * S CG 210 CB CA N 1.5280 113.100 180.000 S SD 202 CG CB CA 1.8100 115.600 180.000 S CE 209 SD CG CB 1.7800 98.900 180.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB SD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB SD 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 140 CE SD CG 1.0900 109.500 180.000 E HE2 140 CE SD HE1 1.0900 109.500 120.000 E HE3 140 CE SD HE1 1.0900 109.500 -120.000 E PHE F C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 149 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 145 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 145 CG CB CA 1.4000 120.000 180.000 S CE1 145 CD1 CG CB 1.4000 120.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG CE1 1.0900 120.000 180.000 E CZ 145 CE1 CD1 CG 1.4000 120.000 0.000 S HE1 146 CE1 CD1 CZ 1.0900 120.000 180.000 E CE2 145 CZ CE1 CD1 1.4000 120.000 0.000 S HZ 146 CZ CE1 CE2 1.0900 120.000 180.000 E CD2 145 CE2 CZ CE1 1.4000 120.000 0.000 S HE2 146 CE2 CZ CD2 1.0900 120.000 180.000 E HD2 146 CD2 CE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG CD1 CD2 PRO P C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 239 -C -CA -N 1.3370 117.000 180.000 M CA 285 N -C -CA 1.4510 120.600 -175.200 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 -70.000 M CB 136 CA N C 1.4840 104.000 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5100 108.560 3.700 S CD HN 245 CG CB CA 1.5000 106.000 -16.300 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG N 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG N 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD N Additional dihedrals CD N -C CA SER S C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 157 CA N C 1.5430 111.100 -120.000 S OG 154 CB CA N 1.4270 114.400 180.000 S HG 155 OG CB CA 0.9650 107.600 180.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA OG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA OG 1.0900 109.500 -120.000 E THR T C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 158 CA N C 1.5250 121.100 -120.000 S OG1 154 CB CA N 1.4300 109.470 60.000 S HG 155 OG1 CB CA 0.9600 109.470 180.000 S HG1 CG2 135 CB CA OG1 1.5250 109.470 -120.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA OG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG21 HG2 140 CG2 CB HG1 1.0900 109.500 120.000 E HG22 HG3 140 CG2 CB HG1 1.0900 109.500 -120.000 E HG23 TRP W C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 500 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 514 CG CB CA 1.3400 127.000 180.000 S NE1 503 CD1 CG CB 1.4300 107.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG NE1 1.0900 120.000 180.000 E CE2 502 NE1 CD1 CG 1.3100 109.000 0.000 E HNE 504 NE1 CD1 CE2 1.0100 125.500 180.000 E HE1 CZ2 145 CE2 NE1 CD1 1.4000 128.000 180.000 S CH2 145 CZ2 CE2 NE1 1.3900 116.000 180.000 S HZ2 146 CZ2 CE2 CH2 1.0900 120.000 180.000 E CZ3 145 CH2 CZ2 CE2 1.3500 121.000 0.000 S HH2 146 CH2 CZ2 CZ3 1.0900 120.000 180.000 E CE3 145 CZ3 CH2 CZ2 1.4100 122.000 0.000 S HZ3 146 CZ3 CH2 CE3 1.0900 120.000 180.000 E CD2 501 CE3 CZ3 CH2 1.4000 117.000 0.000 S HE3 146 CE3 CZ3 CD2 1.0900 120.000 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG CD2 CE2 Additional dihedrals CE2 CD2 CE3 CG CZ2 CE2 CD2 NE1 CB CG CD1 CD2 TYR Y C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 149 CA N C 1.5550 111.100 -120.000 S CG 145 CB CA N 1.5170 117.300 180.000 * S CD1 145 CG CB CA 1.4000 120.000 180.000 S CE1 145 CD1 CG CB 1.4000 120.000 180.000 S HD1 146 CD1 CG CE1 1.0900 120.000 180.000 E CZ 166 CE1 CD1 CG 1.4000 120.000 0.000 S HE1 146 CE1 CD1 CZ 1.0900 120.000 180.000 E CE2 145 CZ CE1 CD1 1.4000 120.000 0.000 S OH 167 CZ CE1 CE2 1.3600 120.000 180.000 E CD2 145 CE2 CZ CE1 1.4000 120.000 0.000 S HE2 146 CE2 CZ CD2 1.0900 120.000 180.000 E HD2 146 CD2 CE2 CG 1.0900 120.000 180.000 E HH 168 OH CZ CE1 0.9600 113.000 0.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E Additional bonds CD2 CG Additional dihedrals CB CG CD1 CD2 VAL V C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 * M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 137 CA N C 1.5680 111.100 -120.000 S CG1 135 CB CA N 1.5320 118.500 180.000 S CG2 135 CB CA CG1 1.5320 118.500 -120.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB 140 CB CA CG1 1.0900 109.500 120.000 E HG1 140 CG1 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG11 HG2 140 CG1 CB HG1 1.0900 109.500 120.000 E HG12 HG3 140 CG1 CB HG1 1.0900 109.500 -120.000 E HG13 HG4 140 CG2 CB CA 1.0900 109.500 180.000 E HG21 HG5 140 CG2 CB HG4 1.0900 109.500 120.000 E HG22 HG6 140 CG2 CB HG4 1.0900 109.500 -120.000 E HG23 ASH C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5300 111.100 -120.000 * S CG 267 CB CA N 1.5170 111.600 180.000 S OD1 268 CG CB CA 1.2500 108.000 -90.000 S OD2 269 CG CB OD1 1.3640 116.700 180.000 S HD1 270 OD1 CG CB 0.9450 113.000 180.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E GLH C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5290 111.100 -120.000 * S CG 136 CB CA N 1.5290 112.700 180.000 S CD 267 CG CB CA 1.5210 112.300 180.000 S OE1 268 CD CG CB 1.2500 108.000 -90.000 S OE2 269 CD CG OE1 1.3640 117.000 180.000 S HE1 270 OE1 CD CG 0.9450 113.000 180.000 S O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E LYN C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5350 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5270 112.500 180.000 * S CD 136 CG CB CA 1.5260 112.500 180.000 S CE 906 CD CG CB 1.5280 112.500 180.000 S NZ 900 CE CD CG 1.4720 111.700 180.000 S HZ1 909 NZ CE CD 1.0100 109.470 180.000 E HZ2 909 NZ CE HZ1 1.0100 109.470 -120.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG CE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG CE 1.0900 109.500 -120.000 E HE1 911 CE CD NZ 1.0900 109.500 120.000 E HE2 911 CE CD NZ 1.0900 109.500 -120.000 E ARN C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N 238 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 M CA 283 N -C -CA 1.4490 121.900 180.000 M C 271 CA N -C 1.5220 111.100 180.000 M HN 241 N -C CA 1.0100 119.800 180.000 L H CB 136 CA N C 1.5340 111.100 -120.000 S CG 136 CB CA N 1.5250 121.100 180.000 * S CD 748 CG CB CA 1.5250 112.500 180.000 S NE 749 CD CG CB 1.4760 113.000 180.000 S CZ 752 NE CD CG 1.3430 134.000 180.000 S HE 910 NE CD CZ 1.0120 107.900 180.000 E NH1 750 CZ NE CD 1.3360 121.300 0.000 S H11 240 NH1 CZ NE 1.0120 120.700 0.000 S NH2 751 CZ NE NH1 1.3360 119.400 180.000 E H21 909 NH2 CZ NE 1.0120 122.100 0.000 S H22 909 NH2 CZ H21 1.0120 122.400 180.000 E O1 272 C CA N 1.2290 120.500 180.000 L O2 272 C CA O1 1.2290 120.500 180.000 L HA 140 CA N C 1.0900 109.500 120.000 L HB1 140 CB CA CG 1.0900 109.500 120.000 E HB2 140 CB CA CG 1.0900 109.500 -120.000 E HG1 140 CG CB CD 1.0900 109.500 120.000 E HG2 140 CG CB CD 1.0900 109.500 -120.000 E HD1 140 CD CG NE 1.0900 109.500 120.000 E HD2 140 CD CG NE 1.0900 109.500 -120.000 E NH2 C Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro N N 237 -C -CA -N 1.3350 116.600 180.000 * M HN1 CA 240 N -C -CA 1.0100 121.900 180.000 M H1 HN2 240 N -C HN1 1.0100 119.800 180.000 L H2 CAP S Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res CAP N -1 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * M 0 Na S Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res Na N 407 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * M 0 GLC M Glucose momomer Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro O4 186 -C1 -O -C2 1.3940 110.990 120.520 L C4 183 O4 -C1 -O 1.4240 116.470 116.318 M C5 183 C4 O4 -C1 1.5480 108.130 237.741 M C3 174 C4 O4 C5 1.5310 106.260 242.060 M H4 185 C4 O4 C5 1.0910 114.430 122.112 L C6 157 C5 C4 O4 1.5390 112.790 70.773 * L O 186 C5 C4 C6 1.4310 111.740 120.906 L H5 185 C5 C4 C6 1.0910 108.820 240.114 L O6 154 C6 C5 C4 1.4170 111.390 58.837 L H61 140 C6 C5 O6 1.0900 109.910 239.212 L H62 140 C6 C5 O6 1.0900 110.050 121.454 L HO6 155 O6 C6 C5 0.9450 109.170 179.848 L C1 193 O C5 C4 1.3950 115.390 56.992 M C2 174 C1 O C5 1.5390 110.140 302.018 M H1 194 C1 O C2 1.0910 106.370 243.600 L O2 169 C2 C1 O 1.4110 112.390 173.757 L H2 176 C2 C1 O2 1.0910 109.380 121.545 L O3 169 C3 C4 O4 1.4180 112.120 287.487 L H3 176 C3 C4 O3 1.0910 109.210 121.294 L HO3 170 O3 C3 C4 0.9650 108.190 50.290 L HO2 170 O2 C2 C1 0.9560 102.120 195.430 L Additional bonds C2 C3 TIP3 S TIP3P Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res HO1 112 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 0 O 111 HO1 -DU3 -DU2 0.9572 90.000 180.000 * 0 HO2 112 O HO1 -DU3 0.9572 104.520 180.000 0 BUTA S butane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C2 71 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 C3 71 C2 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 0 C4 68 C3 C2 -DU3 1.5269 112.570 180.000 0 C1 68 C2 C3 C4 1.5266 112.470 180.000 0 PROP S propane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C1 68 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 C2 71 C1 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 0 C3 68 C2 C1 -DU3 1.5269 112.570 180.000 0 METH S methane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C1 66 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 ETHA S ethane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C1 68 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 C2 68 C1 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 0 HEX S hexane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C3 71 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 C4 71 C3 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 0 C5 71 C4 C3 -DU3 1.5269 112.570 180.000 0 C6 68 C5 C4 C3 1.5266 112.470 180.000 0 C2 71 C3 C4 C5 1.5266 112.470 180.000 0 C1 68 C2 C3 C4 1.5266 112.470 180.000 0 OCT S octane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C4 71 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 C5 71 C4 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 0 C6 71 C5 C4 -DU3 1.5269 112.570 180.000 0 C7 71 C6 C5 C4 1.5266 112.470 180.000 0 C8 68 C7 C6 C5 1.5266 112.470 180.000 0 C3 71 C4 C5 C6 1.5266 112.470 180.000 0 C2 71 C3 C4 C5 1.5266 112.470 180.000 0 C1 68 C2 C3 C4 1.5266 112.470 180.000 0 DODE S dodecane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C7 71 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 0 C8 71 C7 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 * 0 C9 71 C8 C7 -DU3 1.5269 112.570 180.000 0 C10 71 C9 C8 C7 1.5266 112.470 180.000 0 C11 71 C10 C9 C8 1.5266 112.470 180.000 0 C12 68 C11 C10 C9 1.5266 112.470 180.000 0 C6 71 C7 C8 C9 1.5266 112.470 180.000 1 C5 71 C6 C7 C8 1.5266 112.470 180.000 1 C4 71 C5 C6 C7 1.5266 112.470 180.000 * 1 C3 71 C4 C5 C6 1.5266 112.470 180.000 1 C2 71 C3 C4 C5 1.5266 112.470 180.000 1 C1 68 C2 C3 C4 1.5266 112.470 180.000 1 PENT S pentadecane_UA Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C8 71 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 0 C9 71 C8 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 0 C10 71 C9 C8 -DU3 1.5269 112.570 180.000 0 C11 71 C10 C9 C8 1.5266 112.470 180.000 * 0 C12 71 C11 C10 C9 1.5266 112.470 180.000 0 C13 71 C12 C11 C10 1.5266 112.470 180.000 0 C14 71 C13 C12 C11 1.5266 112.470 180.000 0 C15 68 C14 C13 C12 1.5266 112.470 180.000 0 C7 71 C8 C9 C10 1.5266 112.470 180.000 1 C6 71 C7 C8 C9 1.5266 112.470 180.000 1 C5 71 C6 C7 C8 1.5266 112.470 180.000 * 1 C4 71 C5 C6 C7 1.5266 112.470 180.000 1 C3 71 C4 C5 C6 1.5266 112.470 180.000 1 C2 71 C3 C4 C5 1.5266 112.470 180.000 1 C1 68 C2 C3 C4 1.5266 112.470 180.000 1 DMA S Di-methyl-amine Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res NT 901 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 CT1 904 NT -DU3 -DU2 1.4546 90.000 180.000 0 HC1 911 CT1 NT -DU3 1.0908 110.115 179.223 0 HC2 911 CT1 NT HC1 1.0911 111.329 119.765 0 HC3 911 CT1 NT HC1 1.0912 111.031 240.735 0 CT2 904 NT CT1 HC1 1.4546 109.960 180.000 0 HC4 911 CT2 NT CT1 1.0908 110.119 180.799 0 HC5 911 CT2 NT HC4 1.0912 111.028 119.259 0 HC6 911 CT2 NT HC4 1.0911 111.330 240.231 0 HN 910 NT CT2 CT1 1.0123 110.318 238.098 0 DEA S Di-ethyl-amine Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res NT 901 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 * 0 CT1 907 NT -DU3 -DU2 1.4539 50.000 100.000 0 CT2 135 CT1 NT -DU3 1.5302 109.071 5.000 0 CT3 907 NT CT1 CT2 1.4539 110.079 177.199 0 CT4 135 CT3 NT CT1 1.5302 109.071 182.800 0 HC1 911 CT1 NT CT2 1.0916 110.020 239.712 0 HC2 911 CT1 NT CT2 1.0915 110.347 121.295 0 HC3 911 CT3 CT4 NT 1.0915 110.285 121.333 0 HC4 911 CT3 CT4 NT 1.0916 109.632 239.473 0 HC5 140 CT2 CT1 NT 1.0902 110.636 180.905 0 HC6 140 CT2 CT1 HC5 1.0908 111.208 119.321 0 HC7 140 CT2 CT1 HC5 1.0902 111.695 240.227 0 HC8 140 CT4 CT1 NT 1.0902 110.636 179.094 0 HC9 140 CT4 CT3 HC8 1.0902 111.695 119.772 0 HC0 140 CT4 CT3 HC8 1.0908 111.208 240.678 0 HN 910 NT CT1 CT3 1.0114 109.846 121.079 0 SPER S Spermine Atom1 (A) Type Atom2 Atom3 Atom4 Bond Angle Dihedral Ref Chain Gro Res C8 135 -DU3 -DU2 -DU1 1.0000 90.000 180.000 0 C9 907 C8 -DU3 -DU2 1.5278 90.000 180.000 0 N10 238 C9 C8 -DU3 1.5269 112.570 180.000 0 C11 907 N10 C9 C8 1.5266 112.470 180.000 * 0 C12 135 C11 N10 C9 1.5266 112.470 180.000 0 C13 906 C12 C11 N10 1.5266 112.470 180.000 0 N14 237 C13 C12 C11 1.5266 112.470 180.000 * 0 C7 135 C8 C9 N10 1.5266 112.470 180.000 0 C6 907 C7 C8 C9 1.5266 112.470 180.000 0 N5 238 C6 C7 C8 1.5266 112.470 180.000 * 0 C4 907 N5 C6 C7 1.5266 112.470 180.000 0 C3 135 C4 N5 C6 1.5266 112.470 180.000 0 C2 906 C3 C4 N5 1.5266 112.470 180.000 0 N1 237 C2 C3 C4 1.5266 112.470 180.000 0 HN1 909 N1 C2 C3 1.0100 119.800 180.000 0 HN2 909 N1 C2 C3 1.0100 119.800 0.000 0 HN3 910 N5 C4 C6 1.0100 119.800 180.000 0 HN4 910 N10 C9 C11 1.0100 119.800 180.000 0 HN5 909 N14 C13 C12 1.0100 119.800 180.000 0 HN6 909 N14 C13 C12 1.0100 119.800 0.000 0 HA1 911 C2 C3 C4 1.0900 110.020 60.000 0 HA2 911 C2 C3 C4 1.0900 110.020 300.000 0 HB1 911 C3 C4 N5 1.0900 110.020 60.000 0 HB2 911 C3 C4 N5 1.0900 110.020 300.000 0 HC1 911 C4 C3 C2 1.0900 110.020 60.000 0 HC2 911 C4 C3 C2 1.0900 110.020 300.000 0 HD1 911 C6 C7 C8 1.0900 110.020 60.000 0 HD2 911 C6 C7 C8 1.0900 110.020 300.000 0 HE1 911 C7 C8 C9 1.0900 110.020 60.000 0 HE2 911 C7 C8 C9 1.0900 110.020 300.000 0 HF1 911 C8 C7 C6 1.0900 110.020 60.000 0 HF2 911 C8 C7 C6 1.0900 110.020 300.000 0 HG1 911 C9 C8 C7 1.0900 110.020 60.000 0 HG2 911 C9 C8 C7 1.0900 110.020 300.000 0 HH1 911 C11 C12 C13 1.0900 110.020 60.000 0 HH2 911 C11 C12 C13 1.0900 110.020 300.000 0 HI1 911 C12 C11 N10 1.0900 110.020 60.000 0 HI2 911 C12 C11 N10 1.0900 110.020 300.000 0 HJ1 911 C13 C12 C11 1.0900 110.020 60.000 0 HJ2 911 C13 C12 C11 1.0900 110.020 300.000 0